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手机刷机后，手机短信通常会被清空。因为刷机是清除手机内部存储空间并重装系统的过程，这意味着所有的数据，包括短信、联系人、应用程序等，都会被删除。因此，在进行刷机之前，建议备份重要数据，包括短信。

不过，如果之前有通过某些方式将短信保存在SIM卡中，那么在刷机后，SIM卡中的短信还是存在的，如果使用了云存储或外部存储工具进行备份，那么刷机后可以通过恢复数据来找回短信。

刷机有风险，一定要谨慎操作，并提前备份重要数据，具体操作还需根据手机型号和刷机方式来判断，建议咨询专业人士获取更多信息。